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Seit dem 1.1.2004 sind Drittmittelangestellte den kantonalen Angestellten arbeitsrechtlich gleichgestellt. Die Arbeitsverträge werden neu zwischen drei Parteien abgeschlossen: Dem Geldgeber, der Universität und dem oder der Angestellten. Das ändert aber nichts daran, dass das Geld, zwar via UZH, aber letztlich vom Geldgeber stammt, und deshalb darf dieser auch den Lohn festsetzen.
Seit der Angleichung müssen Drittmittelangestellte gemäss den Lohnklassen der Universität eingereiht werden. Da aber der Lohn, den der SNF bezahlt, tiefer ist als derjenige der Uni, werden Drittmittelangestellte bei gleichem Job in eine andere Lohnklasse eingereiht.
Drittmittelangestellte behalten den bisherigen Lohn, aber auch die bisherigen Pflichten. Sie haben nach der Gleichstellung nicht mehr Aufgaben als vorher, sondern die gleichen wie bisher.
Der arbeitsrechtliche Schutz ist höher. Dies betrifft die Lohnfortzahlung bei Krankheit und Unfall, den Schwangerschaftsschutz u.s.w. Zudem werden zukünftig Drittmittel-Dienstjahre gleich anerkannt wie kantonale, für viele gibt es deshalb eher Dienstaltersgeschenke und rechtliche Vorzüge hohen Dienstalters wie besseren Kündigungsschutz und längere Lohnfortzahlung bei Krankheit.
Beim Wechsel von kantonalen zu Drittmittelstellen und umgekehrt bleibt der Arbeitgeber neu der gleiche. Für ausländische Angestellte bedeutet dies, dass sie nicht mehr bei jedem Wechsel eine neue Bewilligung der Fremdenpolizei einholen müssen.